2000年，南雄市辖24个镇。根据第五次人口普查数据，全市总人口372844人，其中乌迳镇26303人、孔江镇6509人、新龙镇10087人、界址镇9975人、坪田镇8832人、黄坑镇19652人、邓坊镇9533人、油山镇7712人、大塘镇17727人、南亩镇11340人、水口镇17427人、江头镇8462人、湖口镇26516人、珠玑镇26055人、梅岭镇7081人、主田镇10465人、古市镇16503人、黎口镇18912人、全安镇16878人、苍石镇3363人、百顺镇9997人、澜河镇7796人、帽子峰镇7187人、雄州镇68532人。
2002年，南雄市辖24个镇（雄州、梅岭、珠玑、湖口、大塘、黄坑、乌迳、界址、水口、古市、百顺、澜河、黎口、邓坊、油山、孔江、新龙、南亩、坪田、江头、主田、苍石、全安、帽子峰），221个村委会、31个居委会。
2005年1月26日，撤销南雄市梅岭镇，并入珠玑镇；撤销黎口镇，并入雄州镇；撤销苍石镇，并入全安镇。截至5月底，南雄市辖18个镇（雄州、珠玑、湖口、黄坑、乌迳、界址、水口、古市、百顺、澜河、邓坊、油山、南亩、坪田、江头、主田、全安、帽子峰）。
2005年7月6日，撤销南雄市雄州镇，设立雄州街道办事处，作为市政府的派出机构。管辖原雄州镇的行政区域范围，共有7个居委会和13个村委会，总面积94.1平方千米，户籍人口89137人。办事处驻雄州大道中18号，即原镇政府驻地。
截至2005年12月31日，南雄市辖1个街道、17个镇：雄州街道、乌迳镇、界址镇、坪田镇、黄坑镇、邓坊镇、油山镇、南亩镇、水口镇、江头镇、湖口镇、珠玑镇、主田镇、古市镇、全安镇、百顺镇、澜河镇、帽子峰镇。共有31个居委会、208个村委会。
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