玉龙雪山从低海拔至高海拔，土壤类型依次为红壤（2700～3200米），山地生草灰化土（3100～3300米），腐殖质碳酸盐土（3300～3800米）和高山草甸土（3800～4200米）。
玉龙雪山海拔2000～2900米为云南松林及山坡耕作带；海拔2900～3100米为高山松、栎针阔叶混交林带；海拔3100～3800米为亚高山针叶林带，由冷杉、红杉、云杉林组成（纯林或混交林）；海拔3800～4500米为高山灌丛草甸带，其中海拔4100米以下为高山灌丛草甸，主要由多种垫状或匍訇状杜鹃组成；海拔4100～4350米间仅见零散分布的高山流石滩植物。
玉龙雪山地区位于青藏高原东南缘，处在西风环流、西南季风和东南季风的交替控制带，该区气候干、湿季分异明显．每年11月─翌年4月为干季，主要受西风环流南支和青藏高原冬季风的控制，干燥少雨；5─10月为湿季，主要受西南和东南季风控制，降水占到年降水量的90%以上。1月至次年3月主要受高空西风环流南支急流控制，降水稀少，冰川很少受到补给；4月南支急流减弱，湿热的西南季风北上进入该区，湿季开始。