官方结局没有,以下是我无聊时自己想的,绝对原创
版本H1.0
在和组织最后的战斗中,柯南和小哀历经艰难,终于恢复,但小兰却不幸牺牲,新一在最后承认了小兰是他的最爱的人。组织覆灭后,毛利大叔因为丧女之痛和毛利大婶去乡下隐居了。新一接管了侦探事务所,并以毛利侦探的女婿自称,志保成为了新一的助手,如果新一是福尔摩斯,那志保就是华生,虽然志保喜欢新一,但小兰死后新一心中除了工藤大婶已不可能有另一个女人,所以他们虽然生活在一起,但绝对没有男女关系,新一终身未娶,志保终身未嫁,他们的感情是已从爱情升华到了亲情。……
版本H2.0
在最后和组织的战斗中,组织覆灭了。好消息是小哀和柯南都得到了解药从而可以恢复正常的生活,坏消息是柯南的心脏受了严重的伤,生命垂危。由于柯南血液中含有APTX4869,移植心脏出现强烈排异。小哀经过实验发现只有用同样含有APTX4869的心脏移植才能中和药力,而含有APTX4869的心脏就长在她自己的胸膛里。在和柯南说完最后一句话后,小哀把解药和自己的心脏都留给了柯南。柯南恢复后,服下了解药变回工藤新一和小兰在一起,但他永远无法忘记,自己的胸膛里跳动的着爱他的人的心。