公司恶意扣除员工工资的处理方法具体如下：
1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商。在双方达成一致意见后，劳动者可与用人单位签订和解协议，但要注意该协议并无强制执行力；
2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解。该劳动争议调解委员会一般由职工代表、用人单位代表和工会代表组成，可相对中立的协助双方化解矛盾，也有利于减少双方诉累；
3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内，向用人单位所在地或者劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁。
4、依靠上述几种方式均无法要回工资时，可以申请劳动仲裁。仲裁开庭前会安排调解，此时制作的调解书具有强制执行力；
5、如果劳动者对劳动仲裁的结果不满意，可以在收到仲裁裁决书之日起15天之内，向仲裁机构所在地法院起诉。劳动者如果未能获得满意的结果，如没要到工资或者工资给的少，可申请一次性救济途径的，即可通过诉讼形式补救一次。
工资应当以法定货币支付。不得以实物及有价证券替代货币支付。用人单位应将工资支付给劳动者本人，劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。