两个工资薪金发放单位作为扣缴义务人应当分别按月代扣代缴个人所得税；作为纳税人从两处取得工资薪金所得应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报。在申报纳税时，准予从应纳税额中扣除已代扣代缴的税款。具体分析如下：
1、根据《中华人民共和国个人所得税法》（2007修订）第九条第二款的规定，“工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。”
2、中华人民共和国个人所得税法实施条例（2008修订）第三十六条的规定，“纳税义务人从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报。”
3、根据国家税务总局关于印发《个人所得税自行申报纳税暂行办法》的通知 国税发[1995]077号文件第三条和第四条的规定，“纳税人从两处或两处以上取得工资、薪金所得的，可选择并固定在其中一地税务机关申报纳税；从境外取得所得的，纳税人要求变更申报纳税地点的，须经原主管税务机关批准。”
4、“纳税人在申报纳税时，其在中国境内、境外已纳的个人所得税税款，准予按照有关规定从应纳税额中扣除。”
扩展资料：
1、征税内容：工资、薪金所得：工资、薪金所得，是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。这就是说，个人取得的所得，只要是与任职、受雇有关，不管其单位的资金开支渠道或以现金、实物、有价证券等形式支付的，都是工资、薪金所得项目的课税对象。
2、征收管理：中国个人所得税的征收方式实行源泉扣缴与自行申报并用法，注重源泉扣缴。个人所得税的征收方式可分为按月计征和按年计征。个体工商户的生产、经营所得，对企业事业单位的承包经营、承租经营所得，特定行业的工资、薪金所得，从中国境外取得的所得，实行按年计征应纳税额，其他所得应纳税额实行按月计征。
3、计算方法：应纳税所得额=（月收入-五险一金-起征点-依法确定的其他扣除-专项附加扣除）*适用税率-速算扣除数
注：新个税法于2019年1月1日起施行，2018年10月1日起施行最新起征点和税率。新个税法规定，自2018年10月1日至2018年12月31日，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
资料来源：百度百科-个人所得税