元末明初一部分女真人南迁，到达吉林省和辽宁省北部及东部一带定居。至此，女真人大致分为三大部分，在明朝记载中分别被称为“建州女真”、“海西女真”、“野人女真”，其中建州女真就是后来形成满族的主要成员。
在元朝施行“若女直、契丹生西北不通汉语者，同蒙古人；女直生长汉地，同汉人”的政策下把这些约占金朝女真总人口五分之三的女真人不作女真看待。
金亡后，女真成了蒙古汗国的被统治民族。忽必烈建立元朝后，女真人为元王朝管辖下的居民。蒙古汗国和元王朝对女真的管理，集中反映了女真与蒙古两族在政治、经济方面的关系。首先是蒙古贵族在女真地区设置了路、府、所一套行政机构，“设官牧民，随俗而治”。
1235年（即乙未岁，金亡后的第二年），在图门江北一带设开元（治所在今东宁县东）、南京（治所在今吉林省延吉市东）两万户府后，接着在其它女真人居住区设立许多路、府、所，管理诸支女真人。至元二十三年（1286年），元改辽东路总管府为开元路，女真人皆被纳入开元路。在辽阳、沈阳等路相继成立后，开元路只管辖沈阳路以北（今辽宁省铁岭市北）的女真人，南部的女真人由沈阳、辽阳等路分别统领。为了对分散的、处于后进阶段上的水达达等“随俗而治”。
皇庆元年（1312年）前将开元路东北部地区划设水达达路，与开元路同属辽阳行省管辖。水达达路是元朝女真的主要分布地区，元王朝在其境内先后设立了许多府所。见于史籍的除前述桃温等5个军民万户府和水达达、肇州2个屯田万户府外，在黑龙江口奴儿干地方设有征东元帅府，府治在阿姆贡河对岸的特林地方；在黑龙江下游立吾者野人乞列迷等处诸军万户府，治所在阿纽依河与黑龙江汇合处的哈儿分地方；在今乌苏里江流域设阿速古儿（乌苏里江古名）千户所；在今俄罗斯境内滨海地区置有鲸海（今日本海）、木答哈、牙兰千户所。
元朝统治者通过上述机构和职官，在女真地区征收赋税、签军应役、发布禁令等，实施全面政治统治。元朝向女真征收的赋税是实物，有粮食、布匹、各种野兽皮张和海东青等。不过由于诸支女真人所从事的主要生产不一，故缴纳的实物也各有侧重。蒙古贵族在女真人中签军应役，主要在元朝建立前后。首见于中统四年（1263年）。是年，元王朝命亦里不花在“女直、水达达及乞列宾地合签镇守军”3000人，调归塔匣来领之。
元朝在女真地区发布过的禁令，有屠杀之禁、酒禁、弓矢（捕猎）之禁、出产金银禁。这些禁令极大多数是为防止女真反抗而发布的。这不仅反映在这些禁令都发布在元初，随着元王朝统治在全国的巩固先后解除，尤能说明这一实质的是后两项禁令。因为狩猎和生产金银本是正常的社会生产，狩猎还是女真人解决衣食之需的传统社会生产部门，所以诏令禁止，显然是因这两种生产与“强兵”和制造兵器有密切联系。
