苹果树腐烂病的防治必须采取以加强栽培管理，培育壮树为中心；以清除病菌，降低果园菌量为基础，同时结合药剂防治的综合治理措施。（1）农业防治：在果园冬季和夏季修剪过程中，注意清除枯死枝干、病枝、残桩、断枝等，集中烧毁或搬离果园，不能丢弃于果园内或堆放在离果园近的地方，以减少菌源。培育壮树是控制危害的根本。主要注意以下几方面：①合理施肥。在施肥时要注意3个问题：一是施肥量要足，应该根据产量水平及树体生长发育状况及时补充足够的肥料。二是肥料种类要全，大量元素、微量元素都应兼顾。应特别重视补充钾肥和磷肥，避免偏施过量的氮肥。三是提倡秋季施肥。中熟果采收前后，一般是9月至10月上旬，一方面要挖沟施入优质的有机肥并配合适量的化肥，同时加强叶面喷肥，可显著提高树体长势。
②合理灌水。秋季控制灌水，有利于枝条成熟，可以减轻冻害；早春适当提早浇水，可增加树皮的含水量，降低病斑的扩展速度。
③合理负载。及时疏花疏果，控制结果量，不但能增强树势，减轻腐烂病，也能提高果品品质，增加经济效益。实践证明，过量结果是导致严重发病的重要原因之一。结果树要根据树龄、树势及土肥条件，严格控制大年挂果量，争取小年不小。
④合理修剪。从防病角度来说，合理修剪应做到：一是尽量少造成伤口，并对伤口加以处理和保护；二是调整生长与结果的矛盾，培育壮树；三是调整枝量，勿使果园郁蔽。对于幼龄果园要争取早结果，首先要培育好树体和树形，合理修剪，树势保持良好状态。
⑤保叶促根。加强果园土壤管理，为根系发育创造良好条件，使其“根深叶茂”，培育壮树；及时防治叶部病虫害，避免早期落叶，削弱树势。此外，树体秋季涂白防寒，亦有防病作用，这对幼龄苹果树更为重要。