新农合跨省就医联网结报是指参合患者到参合省以外的新农合跨省就医联网结报定点医疗机构（简称跨省定点医疗机构）住院，出院时可在医院结算窗口直接结算，患者只需支付自付费用，新农合补偿费用由跨省定点医疗机构先行垫付。
1、缴费标准不同：
社保因为有五险，缴费比新农合高很多。
新农合一年缴费在两百元左右，社保最低缴费也要一千以上，而且工资越高，交的金额就越高。
2、报销比例不同：
社保中的医保，主要用于看病报销，包括住院医疗费用报销生育补助以及普通门诊等统筹医疗费用的报销。而新农合用于的地区不同报销比例也是不同的。
如果在乡镇医院治疗的话，新农合的报销比例较高;如果在市级医院以上的医院的话，社保的报销比例较高。
两者都是随着医院级别的升高而报销比例降低。例如：社保的医保报销比例一般为70%-85%，新农合约为50%-70%。
3、适用范围：
社保中的医保，可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。
新农合目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
4、参保范围不同：
社保只要有正式的工作或在城镇都可以参加社保。
而新农合，只有农村户口才可以办。
5、参保年限不同：
社保每月一缴，断缴后次月起医疗无法报销。参保累计满15年，退休后可每月领取养老金。
参保男性满25年，女性满20年，退休后仍然可以享受医疗报销待遇。
而新农合是一年一交，只保障一年。