北京大学政府管理学院拥有多个学术系所，致力于高等教育和科研工作。
政治学系拥有政治学一级学科博士授予权，设有政治学理论博士点，包括政治学理论与方法、中国政府与政治、比较政治等方向。政治学理论硕士点研究内容涵盖政治学理论、中国政治思想、外国政治思想，中外政治制度硕士点关注中国政府与政治、比较政治，中共党史方向则侧重政党理论和中共与当代中国政治。该系与教育部人文社科基地紧密合作，承担研究生和各类课程的教学任务，同时参与多项国家级研究项目。
行政管理学系依托北京大学的学科实力和师资力量，培养面向实际需求的行政管理人才，采用宽口径、专长培养策略。课程涵盖政治学原理、公共管理学原理等，注重理论与实践的结合。
公共政策系专攻公共政策理论与实践，师资力量来自社会科学与自然科学背景的教师，以及政府官员或专家。该系设有行政学博士点和硕士点，培养高级政策研究和实践人才，与实证研究中心深度合作，承担国家社科基金项目。
公共经济学系负责MPA项目核心课程，培养公共经济管理领域的专业人才，跨学科优势明显。
城市与区域管理系专注于城市与区域规划、管理，设有区域经济学专业，致力于培养相关领域的研究与管理人才，与多个研究中心有合作关系。
政治经济学系与企业与政府研究所关注政治、经济，特别是企业与政府关系的研究，涵盖了国际政治经济学、比较政治经济学等多个方向。
学院内设有实证研究中心，推动多学科对社会政治经济发展研究，MPA教育中心负责公共管理硕士项目的教育与国际合作，人才与人力资源研究所则专注于人力资源领域的教学和咨询研究。
此外，学院还与北京大学政治发展与政府管理研究所等协作研究机构紧密合作，共同推动学术进步和政策实践的发展。
北京大学政府管理学院成立于2001年12月22日，是中国首家政府管理学院，学院跨政治学、公共管理与应用经济学三个一级学科。