刘红军目前负责的项目涵盖多个领域，其中包括：
1. 国家自然科学基金项目，主题为“黄河三角洲海床塌陷凹坑形成过程的液化渗流模式研究”（项目编号：No.41072216，20011-2013年），该研究着重于深入理解海床动态过程。
2. 山东省自然科学基金项目，研究“波浪和潮流影响下的黄河三角洲水下三角洲塌陷凹坑形成及其演化”（项目编号：No.Y2007E07，2009-2011年），探索自然环境下的地质变化。
3. 教育部博士点基金项目，主要关注“波浪导致的黄河水下三角洲海底塌陷凹坑形成过程”（20011-2013年），揭示海洋工程环境下的地基稳定性问题。
4. 中国石油天然气总公司科技项目，运用“二维有限元数值法在大型储罐地基沉降分析”（2009-2011年），为石油工程的地基处理提供技术支持。
5. 青岛奥华企业委托的“东海路人员掩蔽工程基坑（南区）监测”（2009-2011年）以及“海利丰大厦工程基坑监测”项目，确保建筑工程的稳定与安全。
此外，刘红军还参与了多个重要项目的后期工作，如“天线耦合效应地质雷达数据时间域非线性反演”（No.40574053，2005-2007年），以及“黄河三角洲饱和地基土地震液化综合判别方法”（2003-2005年），显示出他在地质雷达数据处理和地震工程领域的深厚实力。
他还曾参与国家863项目，研究“胜利油田浅滩海地区高精度地震勘探技术”（20032-2005年），以及在中海油和港中旅企业的委托项目中，担任主持，负责强夯检测工作，以确保海洋和旅游开发项目的地质稳定性。这些项目彰显了刘红军在地质工程领域的丰富经验和专业能力。