两个是平行的单位，都可以自主招生。
以前光电国家实验室主要是依托光学与电子信息学院（当然还有依托在其他学院）下面的，光学与电子信息学院的研究生可以在光电国家实验室里面办公（只要导师是在光电国家实验室办公）；但是去年光电国家实验室牛逼了，就自己独立出来，可以独立招生（相当于一个新的院系）。
当然目前来看，两者关系还是很密切的，有些老师虽然属于光学与电子信息学院，但是办公地点依然在光电国家实验室。从长期来看，两者的界限会越来越明显（目前光电国家实验室正在清理旧疾，其他学院的老师都打算请回所属学院办公去），各自有各自的办公体系和只属于自己单位的老师。
至于哪个单位更好的话，从行政级别上看，必然是光电国家实验室的地位高，土豪单位。光电国家实验室是全国仅有的四、五个国家级实验室之一。 但是读研究生，主要根据自己的喜好研究方向来确定比较（可综合自己喜欢做什么、那个方向好就业等等因素来考虑），目前光电国家实验室强项是生物医学光子学，光电国家实验室的老大就是这个方向的，需要注意的是这个方向比较苦逼（基本继续攻读博士）做实验做到天昏地暗（当然夸张了~）。而光学与电子信息学院的强项是光网络，院长就是这个方向，适合继续深造（博士）；如果选报光学与电子信息学院其他研究方向（弱电），硕士找工作就很简单了。
感觉两个都挺好的（光学与电子信息学院在本科中还是颇有名气的），你自己看喜欢那个方向，根据自己需求报名吧。
多给点分呀，敲了这么久
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