结缔组织性肠炎在不同类型的疾病中表现出不同的病理改变。在硬皮病患者中，有约57%的小肠受到影响，表现为平滑肌萎缩和粘膜下层、肌层以及浆膜层的斑片状胶原纤维沉着，伴随慢性炎症细胞的浸润。小肠的病理改变可见粘膜固有膜的炎症，有时伴有肠壁的水肿、增厚和分节变化，低动力和通过时间延长。
皮肌炎的小肠病变更为显著，可见肠壁水肿、扩张，镜检可见多处粘膜糜烂、粘膜下层水肿和肌层萎缩，同时伴有纤维化，淋巴细胞和浆细胞的浸润。血管病变显著，小动脉和小静脉内膜增厚，易形成血栓，导致管腔闭塞。
系统性红斑狼疮的肠道损害主要由血管炎引起，表现为纤维蛋白样变性、血栓形成、出血和缺血，主要累及粘膜下层、肌层和肠系膜小动脉、小静脉。这种炎症通常影响整个肠道结构。
结节性多动脉炎对肠道的影响广泛，以肠系膜中、小动脉特别是粘膜下层和肌层小动脉为主，其次为小静脉。病变呈节段性分布，涉及管壁各层，组织学特征包括纤维蛋白样变性、坏死和血栓形成，伴有炎症细胞的浸润。
最后，类风湿性关节炎患者可能会并发小肠吸收不良和消化系统异常，如脂肪泻和选择性乳糖不耐受。这些症状往往源于并发的小肠淀粉样变性，可能导致胃肠道蛋白质丢失，影响营养吸收。
结缔组织疾病累及胃肠道的有硬皮病、系统性红斑狼疮、结节性多动脉炎、皮肌炎、类风湿性关节炎等，其中以硬皮病最为突出。