我们先来看一下日本现在的人种。
现在的日本列岛上，住着三种人：大和人、阿伊努人、琉球人。
1、大和人就是目前日本的主体民族。
2、阿伊努人（又称“虾夷人”），生活在日本的北海道，目前仅仅只有2万多人了。在邻国的俄罗斯，也还住着一些阿伊努人。我们来看一下阿伊努人的分布：
阿伊努人分布
我们再来看一下阿伊努人的相貌特征：
现今阿伊努人
很明显，阿伊努人和日本现在的大和人有着显著的区别。我们再来看一张约公元7世纪的阿伊努人分布图：
公元7世纪虾夷人（阿伊努人）分布图
你发现了什么？阿伊努人才是日本的土著人，他们正在朝着灭亡的方向发展，就像之前的印第安人。不过，近代由于受到反人类罪的谴责，日本政府开始保护这支原始种族。
3、再来看琉球人。琉球人现人口约200万，但居住在琉球群岛（现冲绳群岛、先岛群岛、奄美群岛）的不足10万人。琉球人历来和日本人不同族，他们有自己的文化和信仰。19世纪以前的琉球人长相也和日本人不一样。如图：
土著琉球人
到了1879年，日本才正式吞并琉球，改名冲绳县。并通过强制混血，同化琉球人，以至于如今琉球人和日本人长相几乎接近。
现代琉球人
但不可否认的是：琉球人才是琉球群岛的土著人。
那么日本以上的这三种人到底是来源于哪里？在日本列岛上究竟发生了什么？又怎样形成今天的局面的呢？我们先来看一张日本人的基因图（Y染色体突变图）：
日本基因突变图
粗实线表示日本人的基因，排列越靠左的表示基因越古老。日本的y染色体构成：
C-M130占8.5%；
D-M174占34.7%；
O-M175占54.2%；
其他占1.6%。
不知大家有没有注意到：日本y染色体结构占20.1%的是什么？M122！对，这正是从云贵高原走进中国境内的古人类基因！后来他们突变为了M134——古羌人！又突变成了汉人的M117和藏人的M133。如图：
全球基因突变图
而在日本，他们的M122，也突变成了一支M134和另一支LINE1。这说明：日本人的这支M134和中国的古羌人一定存在必然的联系！那么，到底谁先谁后呢？
从1996年开始，中国及日本的一些学者们，用了3年时间，对中国江苏省发掘出来的春秋至西汉(即公元前600年至公元100年)的人骨，及差不多同期出土的日本北九州及山口县绳纹至弥生时代的人骨进行了对比研究。结果经过DNA的检验分析，两者排列次序的某部分竟然完全一致！这一结论再次证明：中、日两国的某一部分人种源于共同的祖先。
从以上分析可以看出日本人种不属于黑人。古代日本人由于饮食习惯、基因遗传等因素，的确身材不高，但是现在日本人平均身高已经超过中国人了哦。