企业前身为九江炼油厂，于1977年6月正式开工建设，1980年10月建成投产。1991年10月4日更名为九江石油化工总厂，隶属中国石油化工总公司。1998年10月更名为“中国石化集团九江石油化工总厂”。
2000年3月，根据中国石化集团公司重组改制上市的战略部署，原九江石化总厂一分为二，主业全部划入中国石化股份公司，组建了中国石油化工股份有限公司九江分公司；非主业部分保留中国石化集团九江石油化工总厂名称，形成了总厂、分公司（合并简称九江石化）并存的新体制。
2007年，根据中国石化集团公司整体改革的工作安排，九江石化总厂将于9月20日前完成总厂体制转换，成立中国石化集团资产经营管理有限公司九江分公司，注销中国石化集团九江石油化工总厂。中国石化集团资产经营管理有限公司九江分公司于5月22日工商注册成立。
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