一）HL1之前（包括训练任务）
1、黑山基地的科研项目
在黑山事件之前，黑山基地研发了“时空传送”技术，并利用该技术发现了另一个空间——Xen空间的存在。科学家们注意到，在Xen空间有许多奇异的现象与事物，还发现了Xen上有外星生物活动与特殊矿物，于是，黑山基地把大量勘探队通过时空传送送往Xen，以收集各种生物与水晶矿物样本，这些生物样本，都被送到了黑山基地的生物实验室进行研究，而水晶矿物样本则由异常材料实验室进行研究。其中，黑山基地从获得的水晶矿物样本中，挑选了一个纯度极高的样本（样本可能由gman提供），准备利用异常材料实验室的反质子光谱仪进行分析。 2、戈登·弗里曼受聘 戈登·弗里曼，《半条命》剧情的主角，是一名理论物理学家，曾获得麻省理工学院哲学博士学位，艾撒克·克莱纳曾是他的导师。从麻省理工学院毕业后，戈登来到了奥地利的因斯布鲁克大学继续学习。此时，克莱纳已经转到黑山基地工作，并通过黑山基地的人才推荐机构，推荐聘请戈登为新雇员，在200X年5月，给戈登寄去一封聘用信。随后不久，戈登就到了黑山基地参加工作。 戈登的工作地点就是黑山基地C区的异常材料实验室。在参与正式工作前，他接受了HEV IV（罗马数字4）型防护衣的使用训练，这样，戈登就成了分析高纯度水晶样本分析实验的操作员。 （二）HL1 1、串联共振 3月16日，是黑山基地进行水晶样本分析的实验日期。这天早晨，C区的电脑系统发生了故障，再加上戈登的迟到，所以，实验被沿后了半个小时。 戈登在到达C区实验与控制室时，事实上样本还没有送到实验室。他在取得HEV防护衣后，从其他的科学人员那里得知，实验仪器的数据有异常波动，而且这些实验仪器本来不是用来做这项实验的，但科学家们忽略了这些细节，因为管理阶层希望早一些获得实验数据，所以科学家们不得不继续进行了这项不负责任的实验。有科学家在实验开始前，曾经想到了串联共振的可能性，并且gman也对实验员伊莱·凡斯做了暗示，不过这些都没能阻止实验的进行。 当戈登把样本推入光谱仪的一刹那，串联共振现象发生了，在地球与Xen之间，生成了一个巨大的时空裂缝，使得大量来自Xen的有机物质进入黑山基地。同时，导致了黑山基地的部分设施发生了严重的爆炸与坍塌。C区与B区率先与其他地段失去联系。 黑山的管理办公室起初并没有意识到事件的严重性，当共振现象逐步扩展到D区时，管理办公室才组织了撤退，并向外界发出了求救信号。 戈登在灾难发生时，被传送到了Xen，所以幸免于难。他从伊莱那里得到帮助，伊莱告诉他让他马上到地面。 2、军队的介入与外星军队的入侵 政府派出了军队进入黑山，执行所谓的“遏制政策”，即杀死一切活物，对于此次事故的主要人员，则是以逮捕代替灭口。戈登便在逮捕名单之中。此次军事行动代号为KIL。 军队进入黑山后，迅速控制了黑山基地的地面设施与广播系统，各搜索部队也开始向地下渗入，执行封锁与屠杀任务。戈登首先在D区的材料储存所，与军队发生冲突。戈登曾一度到达过地面，但由于军队的空降行动，又转入地下，一名科学家告诉戈登，如今只有F区的λ科学小组能够解决这事件。戈登只能通过火箭测试室下方的E区铁路系统，才能到达λ要塞。 军方已经控制了E区的铁路系统，但由于Xen生物的骚扰，使得部分阵地被放弃，让戈登钻了空子。军方也已经下达正式命令，允许对弗里曼使用武力。 戈登在E区，发射了一枚火箭，将λ小组的卫星送上了天。这颗卫星不仅使λ小组观察到了戈登的进展情况，同时还为开启地球与Xen之间的传送门做好了准备。在离开发射中心途中，戈登被两名士兵抓获，由于士兵擅自处理了戈登，结果让戈登逃跑了，进入了旧工业区，由旧工业区进入到生物实验室。 这时，来自Xen的军队开始了对黑山基地的入侵，大量异形军队通过尼赫伦斯的传送门到达地球，军方一下子就陷入了混乱。戈登则再次利用军方的混乱，直接从地面进入了λ要塞。由于λ要塞已经被科学家完全封死，加上要塞内部的“异次元封锁系统”，军队与Xen军队都未能进入。 军队很快就无法继续控制黑山的状况了，最后，只能撤退，而且是慌忙的撤退，把许多士兵丢在了黑山。戈登到达λ要塞之际，也正是军队撤退之时。 3、尼赫伦斯之死 戈登到达λ后，λ要塞的封锁系统发生了故障，Xen军队得以传送进入了λ要塞。戈登在开启λ要塞的主反应炉的水泵后，突破了异形的堵截，到达了反应炉顶端，这里曾经是第一观测小组的供应储藏室。 λ小组建议戈登通过他们的传送仪去Xen，因为λ小组已经侦测到Xen军队入侵所使用的传送门是由一个生命体创造的，也就是Xen的首领——尼赫伦斯，戈登只有杀掉它，才能挽救这场灾难。 就这样，戈登被送到了Xen，最后，杀掉了尼赫伦斯，解放了弗地冈种族。 在结尾，gman终于与戈登面对面的交谈了。并要求戈登为他工作，要么就面对一场“永远打不赢的战争”。戈登为了保命，迫不得已的接受了G-man的要求。HL1的故事也就结束了。 我们相信g-man是用一种活体冷冻技术将戈登保护了起来，于是戈登进入了沉睡。
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