两者实际是一回事，在2015年10.1日《食品安全法》颁布后，食品生产许可证（QS）就改为SC证了。
1、在新的食品安法实施以前，食品生产许可证由质监部门发，也就是QS证。
2、新的《食品安全法》实施后，《食品生产许可证》转由食品药品监督管理局发证，其证号也由原来的QS开头变成了SC开头。今后，QS标志也将慢慢退出市场。原QS证在有效期内仍然有效。
3、食品流通许可证，是经营者销售预包装食品或者散装食品的资格证明文件， 食品生产许可证，是经营者加工生产食品的资格证明文件。 这两者是完全不同的证件，前者是流通领域的证件，后者是生产领域的证件。