办公室
组织协调局机关的政务和事务工作；负责电子政务、秘书、信息、文书、档案、机要通信、办公自动化、保密、信访和市级机关工作证等的管理工作；负责重要规章制度的制定和督查工作；负责局机关内部车辆管理使用；负责领导生活服务保障和有关接待工作。
人事教育处
负责局系统的机构编制、人事管理、劳动工资、继续教育和职称评聘等工作；组织实施局系统工人的技术培训和等级考核及技师申报工作；负责局机关及局属单位的人事档案、出国(境)人员审查等工作。
保卫处
负责市级机关及局属单位的治安保卫；负责制定、检查、落实市级机关安全保卫、消防安全有关规章制度和各项防范措施；配合公安部门做好市领导住地及市级机关安全防范工作；维护机关办公区的交通秩序和办公秩序，协助处理机关内部的交通事故、治安案件等，配合有关部门做好院内大型活动、重要会议及外事活动的保卫工作。
财务处(国有资产管理处)
管理局系统行政经费；监督执行有关财务、会计、审计、国有资产等管理制度；承担市级机关国有资产管理有关工作；负责市级机关国有资产产权界定、清查登记、监督管理和处置工作；对局属单位的财务工作进行定期审计和领导干部任期经济责任审计。
房产管理处
综合管理市级机关房地产的产权、产籍，制定市级机关房地产管理有关规定；负责市级机关土地使用权的管理；负责办公用房和住房标准的审核，并进行管理、调配、调整；审核有关房屋修缮项目和经费；组织实施市级机关房改工作和市级机关住房基金、公积金的管理；指导市级机关办公区、住宅区物业管理工作；负责市级机关办公区及部分住宅区的水电、道路及公共设施等管理工作。
基建处(挂“市级机关住宅建设办公室”牌子)
负责市级机关办公用房、公共设施的规划、建设和投资管理；制定市级机关基建工作报告的管理制度，监督和指导有关建设单位执行基建法规；负责市级机关土地资源的申请、开发利用、资金筹措、预决算审核、工程质量、竣工图纸及资料的管理；组织实施市级机关经济适用房建设工作。
综合管理处
研究制定局系统后勤事务管理制度和经营工作规划，指导局属单位的改革工作；负责市级机关后勤部门的行业联系：对局属单位的国有资产进行目标化管理，指导、监督各单位的经营服务工作，考核年度工作目标和服务质量；负责市级机关的爱国卫生、绿化管理、抗灾救灾、人民防空工作；负责市级机关膳食服务保障工作。
车辆管理处
负责市级机关公务车辆改革和管理，制定车辆管理办法并监督执行；审核市级机关和事业单位车辆的编制、配备、更新经费及处置事项；负责市级机关公务车辆交通安全管理、车辆牌证管理以及定点维修工作；保障市级领导(含离退休市级领导)日常公务用车以及大型会议、活动的用车；协助有关部门做好市级机关公用车辆年检和驾驶员年审及安全教育工作。
节能管理处
负责市级机关资源节约管理工作，会同有关部门制定规划、规章制度并组织实施；组织开展能耗统计、监测、评价考核和激励约束工作。参与推动区（县）机关、事业单位和公共机构节能。
接待处
承担全市性的重要会议、大型活动和来南京市进行公务活动的外省、市来宾的接待服务及后勤保障工作；负责全市接待景点参观券的统一管理工作。
机关党委
负责宣传和执行党的路线、方针、政策，以及上级组织的决议；组织党员认真学习党的理论、科学文化和业务知识；对党员进行管理和监督，加强党风廉政建设；做好思想政治工作，推进精神文明建设，了解、反映群众的意见，维护群众正当权益，帮助群众解决实际困难；做好发展党员工作；协助局党组管理党组织和群众组织的干部，配合干部人事部门对干部进行考核和民主评议，对干部的任免、调动和奖励提出意见建议；领导工会、共青团等群众组织；领导局属单位党的工作。
离退休干部处
贯彻落实有关老干部工作的方针政策，督促检查老干部政治、生活待遇的落实，发挥老干部作用；指导局系统离退休干部的管理工作；协助和组织老干部参观、学习、疗养活动；组织安排老干部的集体活动，做好经常性的走访、慰问老干部工作。
监察室
监督检查局贯彻执行党的路线方针政策和决议，遵守国家法律、法规，执行党中央、国务院及市委、市政府决定、命令的情况；监督检查局党组和行政领导班子及其成员维护党的政治纪律，贯彻执行民主集中制，选拔任用领导干部，贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况；经市纪委、监察局批准，初步核实局党组和行政领导班子及其成员违反党纪政纪的问题；参与调查局党组和行政领导班子及其成员违反党纪政纪的案件。调查局机关处级干部和局属单位领导干部违反党纪政纪的案件及其他重要案件；受理对党组织、党员和行政监察对象的检举、控告，受理局机关及局属单位党员和行政监察对象不服处分的申诉；协助局党组建立和完善党内监督制度，抓好领导班子及其成员的廉政勤政教育和廉洁自律工作，组织协调全局党风廉政建设和反腐败工作；配合机关党委开展党性党风和廉政教育，抓好纠正部门和行业不正之风工作；承办市纪委、监察局和局党组交办的其他工作。
