泉州闽台缘博物馆作为国家级对台专题博物馆，其机构设置规格为副厅级，致力于对台文史资料的研究、展示与交流。馆内设有九个部门，均为副处级，具体职责如下：
党政办公室
负责馆领导日常事务，协调馆内工作，包括文书档案管理、公章使用，会议组织、党建思想政治工作以及对外联络等。
人力资源部
负责人事、编制管理，招聘、薪酬福利、职称申报，以及人才发展和离退休干部服务。
财务部
负责资金管理和使用，工资奖金发放，固定资产统计，以及活动经费预算和账务管理。
藏品部
负责文物保管、征集、鉴定，文物库房管理，历史资料收集，展览服务，文物修复等工作。
展览开放部
负责展览策划、文化交流，社会教育组织，讲解员培训，门票管理，展区设施维护等。
研究部
负责学术研究规划，展览内容研究，陈列大纲编写，对外学术交流等。
文献信息中心
负责图书、文献管理，数字化工作，出版物制作，网络系统维护，多媒体与电子出版物的管理。
保卫部
确保文物文献安全，展览活动安全，施工过程安全监督与验收。
服务部
负责商业项目的经营和馆内物业管理。