中国水利水电科学研究院水环境研究所的研究成果涵盖了多个领域，其中包括：
2007年度：流域水污染经济损失补偿理论模式研究；水环境有毒有机物分析检测标准体系；水环境保护技术标准深化；洋河、于桥水库生态治理示范；生态水工学关键技术；国际水环境标准收集比较；挥发性和半挥发性有机污染物检测技术；重金属元素测定；实验室安全技术导则；地表水资源评价技术；水资源简报与公报；水源地水质监测；海（咸）水淡化技术研究；水文对血吸虫病传播的影响；水源地安全评估体系；洋河水库污染修复；太湖纳污能力论证；引江济太排污限制；南水北调中线工程环境监测；中南海、筒子河循环工程影响报告；水库清淤及水质改善工程验收；水利水电水质分析规程；信息管理系统开发；生态工程水土保持方案；环境影响评价报告等。
2006年度：水环境承载能力与评价标准研究；水质分析标准物质研制；清水海引水工程环境影响；可持续发展标准体系研究；乌鲁木齐河水库工程影响报告；温泉水电站工程影响报告；小山口电站工程影响报告；柳树沟水电站工程影响报告；宾馆改造工程水土保持；热电厂扩建工程水土保持等。
2005年度：运河改建工程环境影响报告；水环境监测指标体系研究；水源应急供水工程环境影响；河道整治工程环境影响；调水对水环境影响研究；糯扎渡水电站水温预测；望虞河冲淤模拟；引江济太影响研究；京城水质变化规律；苦咸水淡化装置研制；调水调控技术子课题；区域水环境调水方案等。
2003-2004年度：水源工程环境保护、水体流动优化研究、承载能力评价方法、价值研究、南水北调工程环境影响、水利工程竣工环保验收等。
2003年以前项目：水资源保护信息管理系统、珠江三角洲水沙动力特征、水环境保护效益核算、电厂水土保持方案等。