重庆大学于2000年经教育部批准试办并于2004年经教育部批准正式设立研究生院。
学校于2002年成为教育部首批启动资助开展“研究生教育创新工程”试点的高校之一，于2010年被确定为研究生专业学位教育综合改革试点工作单位。至2018年，学校已连续8年获得教育部研究生创新计划资助。
重庆大学现有理、工、经、管、文、法、艺、教育等25个学院，以及研究生院、继续教育学院、网络教育学院。全日制在校学生50000余人，其中有硕士、博士研究生近20000人，本科生近30000人，留学生1200余人。
重庆大学创办于1929年，早在二十世纪四十年代就成为一所拥有文、理、工、商、法、医等六个学院的国立综合性大学并闻名国内外。李四光、马寅初、何鲁、冯简、柯召、吴宓、吴冠中等一大批著名学者曾在学校辛勤耕耘，为学校奠定了坚实的学术基础，形成了严谨的治学传统。经过1952年的全国院系调整，重庆大学成为了一所国家教育部直属的、以工为主的多科性大学，1960年被国家确定为首批全国重点大学。改革开放以来重庆大学大力发展人文、经管、艺术、体育等学科专业，新学科专业的崛起进一步加速了重庆大学向综合性大学发展的进程。为了适应二十一世纪高等教育发展的需要，进一步提高学校的综合实力，根据国家有关高等教育管理体制改革的决定，重庆大学、重庆建筑大学、重庆建筑高等专科学校三校于2000年5月31日合并组建成新重庆大学，使得一直以机电、能源、材料、信息、生物、经管等学科优势而著称的重庆大学，在建筑、土木、环保等学科方面也处于全国较高水平。为了建设好新重大，国家教育部和重庆市政府给予了较大的资金投入，学校重新调整了办学指导思想，制定了“十五”发展规划，同时将2001－2002年作为新重大教学质量年，确定了按照“厚基础，宽口径，强能力，高素质”的目标来调整人才培养方案和修订教学计划，在教学中加强创新能力培养，提高学生的综合素质，学校实施了一系列教学改革新措施包括：名师上讲台工程、中英文双语教学工程、“创新人才培养”工程、本硕连读制度等，进一步完善学分制管理制度包括主辅修制、弹性学制、第二学位制、优异生培养制度等，改革推免研究生选拔标准和方式。
