一、分公司不是独立法人，其账务可以不单独核算，而并入总部处理，分公司作为内部核算单位，只做往来账。可设置“内部往来”的会计科目，处理内部往来款。
二、分公司是非独立核算单位，注册地的工商行政管理部门只核发《营业执照》不核发《企业法人营业执照》。关于分公司的会计核算方式有两种：一是报账制；二是分账制。
1、报账制：分公司设一出纳，不设会计。出纳只做现金和银行存款的流水账。每月将发票等原始凭证送总公司进行会计核算。
2、分账制。分公司设会计和出纳，对分公司的业务活动进行会计核算。每月将分公司的会计报表送总公司，由总公司合并报送有关部门。分账制下总公司与分公司之间的经济业务往来，设置“内部往来账”。总公司设“其他应收款——××分公司”账户；分公司设“其他应付款——总公司”账户。在报表合并时总公司与分公司的内部往来账正好对冲为零。这样即使总公司下有两个及以上的分公司核算也不会乱。
三、不管分公司独立做账还是不独立做账，纳税是一样的。即按照跨地经营分公司与总公司实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法执行。详细请看文件国税发[2008]28号“国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的通知”
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分公司，子公司账务管理的相关内容
分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。分公司的特征具体表现为：
①分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
②分公司不独立承担民事责任。分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。分公司名称，只要在总公司名称后加上分公司字样即可。
子公司是与母公司相对应的法律概念。母公司是指拥有另一公司一定比例以上的股份或通过协议方式能够对另一公司实行实际控制的公司。子公司是指一定比例以上的股份被另一公司所拥有或通过协议方式受到另一公司实际控制的公司。子公司具有法人资格，可以独立承担民事责任，这是子公司与分公司的重要区别。
独立核算和非独立核算 是对于分公司而言的，独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
非独立核算又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。非独立核算单位的特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。
在具体的税务申报上，对于地税、国 税的申报，只是在所得税方面有差异，后者可以在总部交，其他的应该没有多大差异了！
独立核算是与非独立核算是相对应的。独立核算指的是一个部门自己单独进行收入、成本、利润的核算，并且单独进行申报纳税；非独立核算指的是自己不进行收入、成本、利润的核算，由上一级单位进行收入、成本、利润的核算，并由上一级单位合并申报纳税。分别核算和未分别核算是相对应的。这指的是同一个单位内部对不同经营项目的核算是否分开。