菌种保藏是食用菌菌种生产中的一项必不可少的重要环节。获得一株优良的菌株是很不容易的，但又不可能一劳永逸。因为一个优良菌株在长期保存和应用过程中，如果保藏设备和手段不适宜，或传代次数过多，培养时间过长，或因受不利外界环境条件的影响，常会导致种性衰退甚至死亡。因此，需在一定时间内使菌种的生活力、纯度和优良性状稳定地保存下来，就必须采取相应的措施，认真做好菌种的保藏工作。菌种保藏前，必须种性清楚、来源正宗、名称准确，具一整套有关技术数据和资料，并处于良好状态。
菌种保藏工作要有专人负责，每个生产单位都要有自己的菌种档案，详细记录菌种来源、移植经过、保藏情况和在生产上使用的结果。管理人员要定期检查保藏情况，及时清除已被污染的菌种。使用菌种时，在任何情况下，都不应将保藏的菌种全部用完。菌种的标签，要字迹清楚，可长期保留，字迹模糊或没有标签的菌种最好不要使用。对保藏的菌种，至少两年要做1次出菇试验，从生长情况和经济性状上综合考察保藏效果。
作为普通菌种生产企业和食用菌栽培者，由于条件、设备和技术水平的限制，常常只是菌种的贮藏。