留底税额主要是指本期销项税少于进项税的差值，即公司早已验证但尚未扣减的进项税。留底税额结转后期继续扣减，或符合一定条件的，允许退还（留底税额退税）。
企业增值税推行链扣减体制，以一般纳税人本期销项税扣减进项税后的余额为应纳税所得额。一般纳税人购买货物或者应纳税劳务、服务、无形资产、房地产时，支付的价格以外的增值税为企业进项税。上游客户归属于一般纳税人，为上游客户的销项税。上游客户归属于一般纳税人的，为上游客户的应纳税所得额。
一般纳税人对外开放销售商品产生企业增值税纳税义务的，造成销项税，即依据销售额和所得税率测算同时向买家扣减的增值税、销项税。