国内水路运输经营活动由《国内水路运输管理条例》严格管理。第二章明确了经营者的准入条件。首先，申请人必须具备企业法人资格，并拥有符合规定条件的船舶，自有船舶运力需符合国务院交通运输主管部门的要求。其次，经营范围需明确，经营水路旅客班轮还需有详细的航线营运计划。此外，经营者需要配备与其业务和船舶运力相适应的海务、机务管理人员，高级船员比例也需符合规定，并需有健全的安全管理制度。经营许可由国务院交通运输主管部门或地方人民政府负责审批，审批过程通常在30个工作日内完成。
个人申请内河普通货物运输业务需符合相应条件，拥有不超过规定吨位的自有船舶，并满足第六条和第七条中关于安全管理和劳动合同比例的要求。取得经营许可后，经营者需办理工商登记并持有水路运输业务经营许可证件。交通运输部门负责市场统计和公布运力供需信息，以维护市场公平竞争和运输安全。
对于特定航线和水域，根据市场情况，交通运输主管部门可能会暂停新增运力许可，以确保公平公正。外国企业和个人不得直接经营水路运输，香港、澳门、台湾地区的特殊情况参照执行。终止经营的经营者需在规定时间内注销许可并交回许可证件。
投入运营的船舶必须符合规定条件，包括与经营范围相符、拥有有效登记证书和检验证书，船型技术标准和船龄需符合要求。新增船舶投入运营需要提交相关证件申请船舶营运证件，船舶必须随船携带营运证件。海事管理机构在船舶进出港时会检查营运证件，无证船舶将被禁止进出并通知相关部门。
国家在新船型技术标准出台时，会考虑对旧船进行更新改造或补偿，以保障运输安全、水环境和能源效率。特殊情况下的外国籍船舶使用需经国务院许可，并在特定期限内执行。
2012年10月13日，中华人民共和国国务院令第625号公布《国内水路运输管理条例》。该《条例》分总则、水路运输经营者、水路运输经营活动、水路运输辅助业务、法律责任、附则6章46条，自2013年1月1日起施行。1987年5月12日国务院发布的《中华人民共和国水路运输管理条例》予以废止。