禽流感病毒主要是在下呼吸道感染发病，刚发病时病人会出现急速发热的症状，刚刚发热十分钟体温就高达39度，如果治疗不当，就会出现细菌双重感染症状，也就是整个呼吸道被感染的症状。
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咳嗽是临床症状之一，可以在很多疾病中出现，例如：喉炎，肺部的疾病，心血管系统的疾病，纵膈的疾病等，而禽流感得潜伏期症状也有咳嗽的可能。但正常的情况下也可能出现暂时的咳嗽，所以咳嗽不能判断禽流感的标准之一。
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流涕的症状常见于鼻炎，鼻息肉，鼻窦炎，也可能出现在感冒的症状中，而流鼻涕也是禽流感潜伏期的症状之一。
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鼻塞是耳鼻喉科的常见症状之一，最常见的原因包括：括鼻炎，鼻中隔偏曲，鼻息肉，鼻窦炎等，其中感冒也可能出现鼻塞的症状，所以禽流感潜伏期也会出现鼻塞的症状。