青岛市妇幼保健医院拥有完善的医疗服务体系，其医院科室包括四大临床部门：妇科、产科、新生儿科和计划生育指导中心。
妇科作为江苏省重点专科，设有200张床位，细分有肿瘤科、乳房科、腔镜科、内分泌科、中医妇科、普通妇科和妇外泌尿科。该科室专攻全市乃至周边地区的妇科复杂病症，提供诊断、治疗和预防服务。妇科以高水准的诊疗技术闻名，尤其在产科并发症处理方面表现出色，年分娩量占全市三分之一，且在处理高危孕产妇时，危重孕产妇抢救成功率高达100%，在省内处于领先位置。
产科在青岛地区围产医学和管理方面占据主导地位，设有160张床位，分为4个专科病房和1个特需病房，针对高危产科管理表现出色，即使在处理75%的疑难高危产妇时也能确保安全分娩。
新生儿科作为市级重点专科，设有25张床位，配备有新生儿重症监护室(NICU)，其救治高危新生儿和极低体重儿的成功率达到90%，达到国内先进水平。
医院的计划生育科学技术指导中心更是走在全省前列，提供预防出生缺陷染色体检查、新生儿疾病筛查等服务。同时，山东省新生儿疾病筛查中心在这里设立分中心，专门负责青岛地区的新生儿疾病筛查工作，确保了新生儿健康工作的高效进行。
青岛市妇幼保健院，承担着青岛市及周边地区妇幼临床、科研、教学和新技术推广工作；承担着全市儿童保健、妇女保健、婚姻保健、计划生育技术指导、优生优育技术服务和监测指导工作；承担着各级妇幼保健人员的培训、信息统计、健康教育工作。