生产企业出口退税申报系统的操作流程包括以下步骤：
1.企业备案和登录：企业在系统进行备案，获取登录账号和密码，备案信息包括企业名称、税号、出口业务信息等。备案完成后，企业可以使用账号和密码登录系统。
2.数据录入：企业需要录入出口业务相关的数据，包括出口货物信息、销售额、购进额等。这些数据可以从财务系统或出口业务系统中导入，也可以手动录入。
3.数据审核：系统会对录入的数据进行自动审核，包括数据完整性、准确性、逻辑关系等。如果数据审核不通过，系统会提示错误信息，企业需要修改数据后重新审核。
4.退税申报：数据审核通过后，企业可以生成退税申报表，并提交到税务部门。税务部门会对申报表进行审核，如果审核通过，会将退税款项发放给企业。
在使用出口退税申报系统时，企业需要保证录入数据的准确性和完整性，避免出现错误和遗漏。同时，企业需要及时了解税务部门的政策和要求，确保申报过程符合相关规定。通过合理使用出口退税申报系统，企业可以提高申报效率，降低成本，为企业的发展提供有力支持。