科技企业孵化器的组织结构通常包含多个部门，以确保全面支持和促进创业企业的成长。首先，项目招商部负责吸引投资，进行项目洽谈，处理企业进驻审批事宜，收集科技和经济信息，推荐合作项目，提供翻译服务，以及协助外资企业进行工商注册等。
接着，产业服务部扮演着关键角色，提供从企业生产、科研到市场营销、财务管理等全方位服务，包括一站式服务如内资企业工商注册和税务登记。他们还协助高新技术企业及项目的申报，研究企业发展策略，并指导入驻企业进行现代化管理，进行企业数据统计和科技中介机构的管理。
在日常运营中，综合服务部负责对外宣传、接待、文秘、档案管理、内部财务管理、信息调研以及内部管理等事务，确保孵化器的高效运行。
物业管理部则专注于提供孵化基地的后勤保障，包括水电供应、设备维护、环境卫生、保安服务以及企业策划等，确保入驻企业的舒适和便利。
最后，信息部负责计算机网络管理及专业信息服务，为创业者提供信息技术支持。
一个成功的孵化器的运行，关键在于共享空间、共享服务、租用企业、专业的孵化器管理人员以及一系列扶植企业的优惠政策。孵化器通过创造优质的创业环境，协助创业者将创新成果快速转化为市场产品，助力新兴企业迅速壮大，为社会培养出成功的企业和企业家。
科技企业孵化器是培育和扶植高新技术中小企业的服务机构。孵化器通过为新创办的科技型中小企业提供物理空间和基础设施，提供一系列服务支持，降低创业者的创业风险和创业成本，提高创业成功率，促进科技成果转化，帮助和支持科技型中小企业成长与发展，培养成功的企业和企业家。它对推动高新技术产业发展，完善国家和区域创新体系、繁荣经济，发挥着重要的作用，具有重大的社会经济意义。