侯庆喜的研究方向主要集中在制浆造纸技术与装备领域，致力于推动该行业的技术创新与绿色发展。
他承担了一系列重要的科研项目，包括：
“十一五”国家科技支撑计划的“速生材高得率制浆污染物处理与综合利用技术”项目，旨在提升制浆过程的环保性能与资源利用率。
天津市科委的重点攻关项目“高剪切纤维离解机的机理与应用”，探索新型造纸装备的理论与实践应用。
通过天津市高等学校科技发展基金的“化学改性提升纸浆湿强度及吸水性能”项目，优化造纸原料处理技术。
“清洁造纸过程中生物酶与化学固着剂控制DCS沉积的研究”，关注造纸过程中的环保控制策略。
教育部留学回国人员科研启动基金支持的“天然纤维素纤维选择性氧化性能的研究及其应用”，深入研究纤维素的性能改造。
他的学术成果丰硕，发表论文40余篇，其中18篇被SCI收录，21篇被EI收录，展现出深厚的研究实力。例如：
2007年发表在Industrial and Engineering Chemistry Research的“Wood Cellulose Fibers Treated with Periodate and Bisulfite”（SCI、EI收录），探讨了木纤维处理的新方法。
2006年在Journal of Applied Polymer Science上的“Characterization of lignocellulosic-poly(lactic acid) reinforced composites”（SCI、EI收录），对复合材料进行了深入分析。
2005年在Journal of Pulp and Paper Science上的“Rapid determination of total dissolved solids in black liquors by ATR-UV/Vis spectroscopy”（SCI、EI收录），展示了黑液中总溶解固体快速测定的新方法。
这些论文表明侯庆喜在制浆造纸技术领域具有丰富的理论研究和实践经验，对行业的发展作出了积极贡献。