教育部对于重点实验室的评估工作有明确的程序。首先，每年的评估工作在春季启动，具体来说，是在每年的4月1日之前，教育部会确定当年需要接受评估的实验室名单，并将这份名单通知给实验室的主管部门和依托单位。
实验室的依托单位或主管部门在接到评估名单后，有两个月的时间准备。这段时间内，他们需要提交经过审核的《教育部重点实验室评估申请书》，这份申请书的格式可以在附录2中找到，确保所有必要信息的完整性和准确性。
评估过程严谨且分步骤进行，教育部会依据当年的评估方案，组织专家进行全面的评估。这个评估过程分为两个主要阶段：现场考察和综合评估。评估团队由学术专家和管理专家共同组成，他们将对实验室的科研能力、管理效能等多个方面进行深入的考察和评价。
2007年5月18日，教育部印发《教育部重点实验室评估规则》，旨在规范和加强高等学校教育部重点实验室的建设与管理，提升实验室整体水平，有效地推动高等学校重点实验室的建设与发展。《规则》含7章32条，另有两个附录，详细规定了开展教育部重点实验室评估的目的、职责、程序、现场评估及评估结果等重要内容，是开展教育部重点实验室评估的基本依据。