民办非企业单位与社会团体的主要区别有以下几点：
1、社会团体可以举办民办非企业单位，而民办非企业单位不能举办社会团体；
2、社会团体可以设立分支机构，而民办非企业单位则不得设立分支机构；
3、社会团体是由公民自愿组成的会员制组织，而民办非企业单位是企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。
民办非企业单位是个新概念。它是于1996年中央和国务院领导针对以往的民办事业单位这一概念所作出的修正。即：事业单位是国家举办的，而民间不应再称事业单位。1998年10月，国务院颁布了《民办非企业单位登记管理暂行条例》，将民办非企业单位界定为：企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。
社会团体是当代中国政治生活的重要组成部分。中国目前的社会团体都带有准官方性质。《社会团体登记管理条例》规定，成立社会团体必须提交业务主管部门的批准文件。业务主管部门是指县级以上各级人民政府有关部门及其授权的组织。社会团体实际上附属在业务主管部门之下。中国的社会团体是社会组织的一种。