虽然在科玄论战中，“玄学”之名是被用来指称以张君劢为代表的玄学派的哲学的，但是，汉语“玄学”本指魏晋玄学。张君劢本人虽然很少提到魏晋玄学，而是大谈宋明理学，但事实上，魏晋玄学与他的玄学观也是相通的。魏晋玄学谓之为“无”的本体，所指的并非宇宙论的或者客观本体论的本体，而是一种心灵的本体。所以蒙培元先生讲：魏晋“玄学家热烈讨论的有无、本末、体用、名教自然等问题，决不是纯粹的思辩哲学和自然本体论问题，其核心仍然是心性问题。”（1）“魏晋玄学和宋明理学都以谈玄说理，即讨论道体等问题而著称。他们涉及到对自然及人的意义的认识，即所谓‘天道性命’一类问题，也就是涉及到人的存在及其价值的问题。因此，言意问题引起他们的重视就不是偶然的了。通过言意之辩而确立意义世界，这是他们的共同目的，但这所谓‘意义世界’，不是对象化的客观认识，也不是纯粹的语言分析，而是‘天人合一’的心灵境界。”（2）此种“心灵境界”，正是张君劢所关注的意义世界、价值领域，亦即他作为其玄学对象的“精神生活”。所以，张君劢的“新玄学”与魏晋玄学实质上是有某种一脉相承的渊源关系的。 而魏晋玄学又与《周易》哲学有密切关系。《周易》为当时的“三玄”之一，魏晋玄学家没有不谈《易》的。《易传》已经讨论了许多真正的
形而上学或者玄学问题，由此成为中国“玄学”的原典。汉语“形而上学”一语，正是出自《周易》的，
《系辞传》讲：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”由此，我们可以见出魏晋“玄学”与《周易》“形而上学”之关联。但是，对“形而上”和“形而下”，历来的理解都是含糊其词的。通常认为，“形而上”即指无形之道（抽象道理、规律），“形而下”即指有形之器（具体器具、事物）。例如孔颖达
《周易正义》讲：“道是无体之名，形是有质之称”；“道在形之上，形在道之下。”这样说来，科学研究的是有形的东西，而哲学研究的则是无形的东西。其实这是不对的，因为科学同样要研究无形的东西，哲学同样要研究有形的东西。这种理解，就是把“形而上”理解为“形之上”，把“形而下”理解为“形之下”。这是没有道理的，因为“而”字没有“之”字的意思，而是 “然而”（这样、而后）的意思。这个“而”字是个关键。这里“形”是中介，形上、形下都要从“形”开始，由有形而至于无形，亦即由具体（事物）而至于抽象（道理），科学、哲学莫不如此。 但我们今天讲“形而上学”(Metaphysics)，又不得不至少考察两种“舶来”的意义：一是我们今天的中国人所耳熟能详的
恩格斯的用法，一是亚里士多德那里的意谓。恩格斯之所谓“形而上学”，指的是西方近代的一种哲学思维方法，这种思维方法被认为是与辩证思维相对立的，亦即静止地、孤立地、片面地看待事物。这种思维方法最典型地表现在法国近代
唯物主义哲学当中，实际上是以牛顿经典力学为范式的近代科学观念在哲学上的反映。这种“形而上学”乃是特指的，它只不过是一种特定历史形态的形而上学在方法论上表现出来的一种特征。我们注意到，这种语义上的“形而上学”今天已经用得越来越少了。对“形而上学”的这种理解，显然不适用于亚里士多德的“哲学”观念。按恩格斯那种关于“形而上学与辩证法”的话语，亚里士多德的“第一哲学”亦即形而上学，恰恰不是“形而上学”的，而是富于“辩证法”精神的。这是因为，恩格斯的语义是方法论的，而亚里士多德的语义则是本体论的；表现在语言上，前者是一个形容词，而后者是一个名词。正如丁文江所指明的，在科玄论战中，“玄学（Metaphysics）这个名词，是纂辑亚列士多德遗书的安德龙聂克士（Andronicus）造出来的。亚列士多德本来当他为根本哲学（First philosophy）或是神学（Theology），包括天帝、宇宙、人生观种种观念在内，所以广义的玄学在中世纪始终没有同神学分家。……到了十九世纪的下半期……玄学于是从根本哲学，退避到本体论（Ontology）。”（3）所以，按照“形而上学”的本来意义，黑格尔的“辩证法”哲学体系正是一种典型的形而上学体系。 因此显而易见，所谓“玄学”就是“形而上学”。那么，玄学究竟研究什么？我们认为，对作为形而上学的玄学的把握，还是应该回到汉语“形而上学”的语义上：（1）“形上”与“形下”的联系中介就是“形”——有形的现实的存在，亦即实践。所以，在汉语中，实践又叫“践行”、“践形”——“行”有其迹，此迹即“形”（形迹、现象）。所以，实践乃是科学与玄学的共同的存在论基础。
马克思的实践论哲学，正是抓住了这个关键。（2）“形而上”与“形而下”都是无形的，是为“理”、为“知”、为“真”。“形而上学”（哲学）与“形而下学”（科学）都是要寻求无形之“理”，而且都要由“形”出发，“形”而后“上”，“形”而后“下”的。所以，玄学与科学之区别不在对象上，而在“理路”上：一个是往上说，一个是往下说。玄学与科学的区别，就是“形而上”之理与“形而下”之理的区别。这是“真知”或者“真理”在向度层次上的区别：科学所知之理，是所谓“往下说”；玄学所知之理，是所谓“往上说”。（3）这“上”与“下”的区别，我们可以科学的“公理”作为一条中间的基线。对于科学来说，经验的归纳层层提升，但始终在公理以下；逻辑的演绎级级下推，也是从公理开始往下说。总而言之，科学的范围总在公理以下，公理以上存而不论；但玄学则不然，它恰恰要从公理往上说，也就是说，它就是要追问公理本身