现将菌袋成品率不高的表现、原因及处理办法介绍如下。
（1）菌种不萌发
正常情况下银耳接种经发菌培养3～4天后，菌丝就开始萌发定植，在穴口上可以看到白色芒状菌丝形成圆形、伸展到胶布边。但也有出现菌种在穴内不吃料不定植。原因分析有：
①基质酸败。揭开穴口胶布检查，原菌种块表面长有白色新生菌丝，而培养料不见菌丝。这说明菌种正常，主要是培养料问题。取袋内培养料闻有酒糟酸味，用广谱试纸进行测试pH为4以下，证实基料过酸。原因或配料装袋时间拖延，或灭菌上温时间过迟，袋内发酵微生物繁殖加快，导致培养基酸败；也有的因培养基含水量过高，菌种湿浸，菌丝无法定植。
②接种失误。表现为接种块表层萎缩，多因接种器过酒精灯火焰时，操作速度缓慢；且连续接种，接种器过分灼热，温度超过30℃使菌种被烧死；或因发菌叠袋过密，通风不良，气温、袋温、菌温，“三温”聚集，引起烧菌而死；也有的是培养基水分过分偏干，加上接种穴打得太浅，胶布贴封不密，使菌种处于干燥环境中枯萎。
③种质低劣。常因菌种传代繁殖次数过多，或因菌龄过长老化，也可能因育种期间受高温伤害，致使菌丝失去活力。
（2）菌体退灰
菌袋经过培养后，开头菌丝生长白色，并分泌黑色素，逐渐变黑，生长正常。但中途菌袋内发现黑色菌丝逐步消退，变为白色稀疏丝状。这种现象与耳友菌丝失活有关，俗称退灰。主要原因可能是菌种长期使用基内分离，并无限度地扩延传代繁殖；或因冬季育种和保种过程较长时间处于低温，致使耳友菌丝在不适环境中逐渐衰退。如果是出现在早春栽培，经集袋加温发菌培养后菌丝容易正常，但转入菌丝发育期，出现长速缓慢，甚至停止生长，这叫“停菌”。主要原因是培养室温度偏低，不适耳友菌丝的生长发育。此种现象一经调节室温在25～26℃，培养3～4天后，菌丝可恢复正常生长，这属培养温度失控。两者性质完全不同，退灰系种质变化不好挽回，而后者经调温后可恢复正常生长。
（3）菌袋污染
在菌袋基料表层出现白、黄、红、绿、黑等颜色，此类均为杂菌污染。菌袋污染原因：
①灭菌不彻底。常因工作人员不遵循操作规程，开头温度达标，而中间擅离岗位，温度下降，虽然灭菌时间达到要求，但积温未达要求，造成灭菌不彻底，给潜伏在原料上的杂菌有存活条件，导致发菌时复活繁殖。
②操作失误。发现在穴口四周污染，主要是接种室消毒不彻底，在接种时未按无菌操作要求进行；或因制袋操作过程袋面薄膜刺破等，致使杂菌有孔可入。
③菌种不纯。常用菌种中混有放射菌，俗称杨梅霜杆菌，或在菌种扩繁中没认真检查，尤其是绿霉菌丝，开头与银耳菌丝色泽近似，稍有疏忽就蒙混过关，亦随着银耳菌丝生长潜伏下来，在发菌培养时发作，致使菌袋污染。
④环境欠佳。发菌室周围环境不卫生，清残消毒处理不好，蚊虫飞入室内传带各种霉菌；或因室内漏水菌袋淋湿等，都会造成杂菌污染。
（4）处理办法
经检查发现菌袋有问题应认真进行如下处理：
①立即隔离。将有问题或怀疑的菌袋尽快从培养室内搬出，隔离另处，以防传播，并区别不同病状进行堆放，便于针对性处理。
②认真判断。对受杂菌污染的菌袋，其表现的各种颜色，可以一眼看出，对中途退灰、停菌的菌袋，需经加温培养观察变化，认定性质后处理。
③套袋复制。因操作失误或菌种有问题引起的菌袋污染，可采用新的栽培袋逐袋套入，然后重新扎口、打穴、封口、灭菌、冷却后再接入菌种进行培养。
④处理混用。因基质酸败和污染而不成品的菌袋采取割破薄膜取料，置于水泥坪上，并按料量加入2%石灰拌匀后集堆，闷24小时后，摊开让阳光暴晒至干。由于这些原料在营养上受到不同程度的破坏，所以在下一次制袋时，按1/3掺入新料中用于栽培。