方法一：申请退税
纳税人多缴纳的税款，税务机关应依法予以退还。按照《税收征管法》第51条规定：
1、纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；
2、纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；
3、涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
方法二：抵缴应纳税款
为减少流程，多缴税款一般按先抵缴税款后退税的办法处理。
若多交了企业所得税，根据国税发〔2009〕79号第十一条规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
具体说来，多缴税款可以抵缴以后年度税款，在企业所得税季度申报表第16行预缴时抵减，年度汇算清缴纳税申报时将抵减额填在主表第37行“以前年度多缴的所得税额在本年抵减额”。
会计处理如下：
1、根据税务机关的审批报告等：
借：应交税费——多缴所得税 100
贷：以前年度损益调整 100
借：以前年度损益调整 100
贷：利润分配-未分配利润 100
2、预提所得税：
借：所得税费用 150
贷：应交税费-应交所得税 150
3、实际交税：
借：应交税费-应交所得税 150
贷：应交税费-多缴所得税 100
银行存款 50
若多交了增值税，抵减下期应纳税款时，将其填入《增值税纳税申报表》第25项“期初未缴税额（多缴为负数）”。
增值税多交税款会计处理：
借：应交税费——未交增值税
贷：应交税费——应交增值税（转出多交增值税） 抵减以后期间应交增值税，无需编制会计分录，只在申报表填列即可。
方法三：抵缴欠税款
根据《税收征收管理法实施细则》第79条以及《关于应退税款抵扣欠缴税款有关问题的通知》（国税发〔2002〕150号）规定：
当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款；抵扣后有余额的，再退还纳税人。
这里需要注意的是：所谓欠税必须满足两个条件，税务机关系统有了申报数据，且超过了规定纳税期限。
企业查补的税款能否抵减税款，关键是该税款是否经到了税务执行环节，是不是已经履行了一定的手续，并在税务系统中申报超期，产生了相应的滞纳金。
只有查补的税款形成了欠税，才可以直接抵减多缴的税款。如果查补的税款尚未形成欠税，则不可抵减。
通常情况下，不建议企业以补抵缴。这种方法虽然可行，但却是一个昏招。企业有查补税款时应直接缴纳，不要等着查补税款超期形成欠税后，再用多交的税款来抵减。因为欠缴税款应按日收取0.5‰的滞纳金，这对企业来说是额外的资金成本。 所以，考虑到滞纳金与资金的时间价值，查补税款与多缴的税款，应各种结算，不要将两者混在一起。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考