水体污染按污染物种类分为：有机污染、重金属污染、化肥和农药污染、热污染、石油污染、放射性污染、病原微生物污染。
有机污染：有机污染物有的有毒，如酚、酮、醛、硝基化合物、有机含氯化合物、多氯联苯（PCB）和芳香族氨基化合物、染料等，直接污染水体；有的无毒，如生活及食品工业污水中所含的碳水化合物、蛋白质、脂肪等，这些物质在一定条件下分解时能产生有毒物质，如CH4、NH3和H2S等使水体污染。水体中有机化合物大多数可为细菌所利用和分解，而在分解过程中消耗水中溶解氧，可使水中鱼类和其他水生生物因缺氧而受害、死亡，从而破坏水体的生态平衡，使水体失去自净能力。有些有机物还能在水中形成泡沫、浮垢，引起水质浑浊和恶臭。
重金属污染：危害较大的重金属有汞（Hg）、镉（Cd）、铬（Cr）、镍（Ni）、铅（Pb）、锌（Zn）等，它们除溶解在水中外，还可积累在水生生物体内，通过食物链的传递危害人体。
化肥和农药污染：化肥中磷（P）、氮（N）大量进入水体将引起水体富营养化。农药，如DDT、六六六等，进入水体能直接杀害水中生物或通过水产品危害人类。
热污染：由工业排放的高温废水造成，主要影响水中生物的生存和繁殖。
石油污染：多发生在海上，主要影响海洋生物。
放射性污染：水中放射性污染物可附着在生物体表面，也可被吸入生物体内积累起来。
病原微生物污染：来自生活污水、饲养场、制革工业、医院等的废水中的病毒、病菌、寄生虫等污染水体后，可传播疾病。