抵扣3%。
一般纳税人，如收到税率为3%的增值税专用发票，发票总金额是1000元。
那么，可以抵扣的增值税额=1000/（1+3%）*3%=29.13元。
拓展资料：
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可超过人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。
开票时，发票的抬头要与企业名称的全称一致，2017年7月1日以后，增值税发票必须要有税号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
参考资料：
2020年对纳税人运输疫情防控重点保障物资取得的收入单位和个体工商户将自产、委托加工或购买的货物无偿捐赠用于应对疫情的，免征增值税及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
对纳税人提供公共交通运输服务、生活服务，以及为居民提供必需生活物资快递收派服务取得的收入，免征增值税；
对捐赠用于疫情防控的进口物资，免征进口关税和进口环节增值税、消费税；
对纳税人提供电影放映服务取得的收入免征增值税；
从事二手车经销的纳税人销售其收购的二手车，由原按照简易办法依3%征收率减按2%征收增值税，改为减按0.5%征收增值税，并按下列公式计算销售额：销售额＝含税销售额/（1+0.5%）。
上述税收政策的具体内容以及其它税收优惠政策中有关增值税减免、优惠的内容，均可到国家税务总局官网查询详细情况，并以税务部门公布的实际政策为准。
此回答由有钱花提供，有钱花是度小满金融旗下信贷平台，度小满金融将切实把国家支持小微企业渡过难关的号召落到实处，全面支持小微生产经营，大多数小微业主选择有钱花，满足小微经营周转需求。据悉，度小满金融的信贷用户中，有七成是小微企业主。截至目前，度小满金融携手数十家金融合作伙伴，累计为小微企业主发放数千亿元贷款，资金周转就找度小满金融，大品牌更安心。
- 在线客服官方服务
- 官方网站
因为这是小规模纳税人在税务机关代开的发票，他只缴纳3%的税，按照增值税税
法的规定，只能抵扣3%。
希望能帮到您本回答被提问者采纳
什么是增值税专用发票，增值税专票抵扣最常见的几种疑惑