法律分析：公司在发放员工工资时，是个人所得税代扣代缴义务人，但这笔钱实际是在银行转账的时候，由银行代扣代缴进入国库的。如果是个体经营户，应该由付款方代扣代缴，未代扣代缴的由本人到税务机关进行申报缴纳。所以公司这种行为是合法的，如果它不履行代扣代缴的责任，税务机关会对它进行处罚。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。