忽必烈统一中国后，非常重视对边远地区的统治，通过各种军政机构对这些区域进行管辖。云南地区自南北朝以来一直处于割据状态。元世祖忽必烈至元十三年(公元1276年)，元朝政府在云南设行省，将其并入版图。公元1253年，蒙古军攻入吐蕃，使西藏正式成为中国领土的一部分。元朝政府在西藏设立了三路宣慰司都元帅府，下设若干万户府，征收赋税，屯戍军队，进行军事、行政管理。元至正二十年(公元1360年)，元朝政府在澎湖设巡检司(军事巡察机构)，管理澎湖、台湾。另外，还通过军事机构控制了天山南北、蒙古高原等广大的东北、西北地区。这些制度的建立，使历来由少数地方政府统治的边陲重地。归于中央政府的管辖之下，加强了中央与地方的联系，强化了中央集权。对于边疆、海防地区的开发与防务建设都起到了积极作用。