区别如下：
1、享受正职待遇，但不一定是老大，也可能是副职。正科级的职务：科长,县局局长, 地级市区级局长 地级市 街道办事处主任 乡党委书记 乡长,公安局的大队长,主任科员。 还有高等院校学院下属的行政机构。
2、主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。级别为正科级，未在领导岗位，享受正科级待遇。
3、所属范围不同，正科级是个统称，正科级是一个领导职务，主任科员是正科级职务下的一个领导名称。
4、领导职务的不同，主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。
5、工资不同，职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。
扩展资料：
我国公务员职务与级别：
（一）国家主席：一级；
（二）国务院总理：一级；
（三）国务院副总理，国务委员：四至二级；
（四）部级正职，省正职：八至四级；
（五）部级副职，省级副职：十至六级；
（六）司级正职，厅级正职，巡视员：十三至八级；
（七）司级副职，厅级副职，助理巡视员：十五至十级；
（八）处级正职，县级正职，调研员：十八至十二级；
（九）处级副职，县级副职，助理调研员：二十至十四级；
（十）科级正职，乡级正职，主任科员：二十二至十六级；
（十一）科级副职，乡级副职，副主任科员：二十四至十七级；
（十二）科员：二十六至十八级；
（十三）办事员：二十七至十九级。
参考资料：
正科级 的职务 科长,县局局长, 地级市区级局长 地级市 街道办事处主任 乡党委书记 乡长,公安局的大队长,主任科员. 还有高等院校学院下属的行政机构
主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。
综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员 [1] 。