三联书店的前身是本世纪三四十年代活跃于中国出版界的三家著名出版发行机构——生活书店、读书出版社、新知书店。
生活书店成立于1932年7月，创办人是邹韬奋、胡愈之、徐伯昕等，前身是创办于1925年的《生活周刊》。读书出版社成立于1936年，创办人是李公朴、艾思奇、黄洛峰等，前身是1934年创刊的《读书生活》半月刊，1937年更名为读书生活出版社。新知书店成立于1935年，创办人是钱俊瑞、徐雪寒、华应申等，前身是《中国农村》月刊。
从1928年6月《生活》周刊社开始出版图书，至1948年10月三店正式合并为止，三店共出版图书2000余种，先后共编辑出版期刊约50种。三店先后在上海、汉口、广州、西安、香港等地开办过百余家分店。
1945年抗日战争胜利后，重庆的生活、读书、新知三店合并。1948年10月三家书店全面合并，在香港成立生活·读书·新知三联书店总管理处。1949年3月，总管理处迁至北京。
1951年8月，三联书店并入人民出版社，仍保留“三联”名义出书，按需要出版“非马列”或“力图运用马列但还不纯熟”的著作。1954年4月，三联获中央批准有了自己的编辑室，下辖中国历史、外国历史、地理等六个编辑组。
1979年，《读书》杂志创办起。
1986年1月1日，三联书店恢复独立建制。
80年代以来，出版界面临着巨大的市场诱惑，书店始终保持三联版图书的品位和特色，同时对开拓和发展市场做了积极的探索和尝试，成立了三联读书俱乐部，恢复了《读书》杂志和《生活周刊》，创办了《爱乐》杂志。
自2003年年底以后，三联书店的运营出现了与“三联传统”不协调的声音，为了经济利益大量出版教材教辅图书，违反国家规定，以一号两刊形式发行《三联财经竞争力·人才与财富版》、《读书·中国公务员》两本杂志，与杂志原有的学术品位大相径庭。三联书店主要领导人的行为引起了公愤，众多员工为此联名起草公开信，表达了他们对“三联”现状及前景的忧虑。
2004年3月一号两刊的违规操作及员工公开信经媒体报道后，三联风波在学术界、出版界引起巨大震动。杨绛、陈乐民、许纪霖、葛兆光、陈平原、资中筠、邵燕祥等作家学者先后不约而同地写文章回忆老“三联”，以另一种方式表达了对“三联风波”的看法和关注。
2004年4月，北京万圣书园、上海季风书园等全国42家民营书店联名递呈《致三联书店暨中国出版集团的公开信》，要求对三联书店总经理兼总编辑进行“弹劾”，此举引发了中国文化界的“三联保卫战”。在各界人士的共同努力下，9月14日三联书店召开了全体员工大会，正式宣布总编辑汪季贤调离，历时180天的“三联保卫战”宣告结束。
