新型农村合作医疗基金分为：门诊基金、住院基金和风险储备基金三部分。
(一) 门诊基金：按年人均6元提取。用于参合农民因病在门诊就医医药费用的补偿。超支不补，节余滚存。
(二) 住院基金：人平均28元。主要用于参合农民大病住院医药费用的补偿。
(三) 风险储备基金：按年人均2元提取。主要用于参合农民住院医药费用补偿超过最高封顶线以上，但仍然造成因病致贫、因病返贫的救助；用于合作医疗基金的财务透支和传染性疾病大流行等意外情况的应急。上年度合作医疗资金结余原则上转入下一年度合作医疗基金的风险储备基金中使用。
第二十一条 基金的补偿范围
新型农村合作医疗基金主要用于参合农民因病住院医药费的补偿。补偿包括：药费、手术费、输血费、输氧费、普通床位费、常规检查费(B超、心电图、放射)以及常规化验费(血、尿、大便、肝功能常规)等医药及检查费用。
第二十二条 合作医疗基金不予补偿的服务项目和服务设施费：
(一) 就(转)诊交通差旅费、急救车费、担架费。
(二) 电视费、电话费、婴儿保温箱费、食品保健箱费、电炉费、煤汽费、电冰箱费及损坏公物赔偿费。
(三) 陪护费、护工费、洗涤及门诊熬药费。
(四) 膳食(含营养餐、药膳)费。
基金补偿总的原则是：以收定支、量入为出、收支平衡、保障适度、实行分段按比例累计补偿，设立起付线和封顶线。住院医药费报销的起付线为300元，封顶线为8000元。
参合农民在定点医疗机构就诊时，所发生的符合补偿规定范围的医疗费用，按以下标准进行补偿。参合农民患病需要转到二级医疗机构住院的，报销比例在本市同等标准下降低5％。转到三级医疗机构住院的，报销比例在本市同等标准下降低10％。外出人员住院按在本市同等补偿标准的50％报销，并实行单病种医疗费总量控制。
住院费用补偿比例
住院费用分段（元） 就诊医疗机构
镇卫生院 二级医院 三级医院
300--3000 35﹪ 30﹪ 25﹪
3001--5000 40﹪ 35﹪ 30﹪
5001--10000 50﹪ 45﹪ 40﹪
10000以上 60﹪ 55﹪ 50﹪
补偿程序和方法
（一） 参加合作医疗的农民因病在本市定点医疗机构住院，住院医药费用经区合管办审核后按规定给予补偿，区合管办应在规定时间内审批结付。
（二） 外出人员住院医药费用的补偿。凭本人有效证件、所在村级证明和外地二级以上非营利医疗机构的正规发票及医药费用清单、病历复印件等，到区合管办申请审核报销，区合管办应在规定时间内审批结付。
第二十七条 地方病、职业病的住院医药费按国家有关规定报销后，其余额再按合作医疗有关规定补偿。
第二十八条 风险储备基金的使用由镇合管办对基金使用对象及项目进行调查核实和确认，报区合管办审批，并接受社会监督。
第二十九条 参合农民每次在门诊就医须携带《医疗证》，住院除携带《医疗证》外，还必须出示身份证或户口簿等有效证明。
第五章 定点医疗机构的审批和管理
第三十条 合作医疗实行定点医疗机构管理，由市合管办审核、认定后，悬挂统一标识，并实行年检制度。凡取得医疗机构执业许可证的非营利性医疗卫生机构，经审核验收符合条件的，与市合管办签订服务合同，可确定为定点医疗机构。
第三十一条 各定点医疗机构要加强医务人员管理，增强服务功能，提高服务质量，满足农民群众防病治病需要，要完善并落实各种诊疗规范和管理制度，对合作医疗基本用药目录、价格和基本医疗服务价格要进行公示，并严格执行物价政策。参合农民就诊原则上实行就近就医。
医务人员要因病施治，坚持合理检查、合理治疗、合理转诊的原则，为参合农民提供良好的医疗服务，严格按照规定的医疗诊治技术规范诊治，不得滥开药、滥用大型物理检查、开大处方，不得随意放宽入院指征和标准。
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