京杭大运河在元代的漕运，由于黄河经常泛滥，高处水源缺乏和工程不够完善等原因，以致终元之时，海运仍占主要。明、清两朝重点治理京杭大运河的策略主要有：一是找准分水地点。 元代在济宁会源闸分水，由于元初至明初，黄河经常北决，泥沙向东北淤积。会源闸分水不当，在汶上老人白英建议下，实施南旺分水，遏汶水至此，六分北注，四分向南，成功地解决缺水，使漕运得以畅通。二是解决黄河和运河分离问题。因为淮阴至徐州间借黄行运风险 大，明清两代，对鲁桥至淮阴的运河，曾多次开凿新河，直至1703年，差不多用一百二三十年时间，为避开300余公里黄河之险，终于开凿了大约同样长度的运河，使黄运分离。三是对江淮间的运河，以开挖月河的方法，使湖漕分离，以避诸湖风浪。四是解决运河与黄河的交叉问题。因为黄高运低，为缩小黄运之间的水头差，而采取弯道，故有“三湾顶一坝 ”之说，今淮阴西南的一段运河，与黄河之间就变成“之”字形弯道。同时在淮安与马头镇之间不断开凿引河，以人力、畜力牵挽，漕船才能出闸过黄。
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