答：可以的。
根据《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）第三条规定：“ 纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用本办法。上述特定纳税人由国家税务总局另行明确。
第十一条 税务机关应在每年6月底前对上年度实行核定征收企业所得税的纳税人进行重新鉴定。重新鉴定工作完成前，纳税人可暂按上年度的核定征收方式预缴企业所得税；重新鉴定工作完成后，按重新鉴定的结果进行调整。
第十二条 纳税人对税务机关确定的企业所得税征收方式、核定的应纳所得税额或应税所得率有异议的，应当提供合法、有效的相关证据，税务机关经核实认定后调整有异议的事项。”
您公司可以按照第十一条、第十二条的规定，向主管税务机关提出自己的意见，经主管税务机关重新核实后再行确定征收方式。
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