法律分析：两委”即村党支部委员会和村民委员会，一个是党在农村的基层组织，一个是村民自治组织。两者开展工作的主要依据分别是：1999年颁布的《中国共产党农村基层组织工作条例》（以下简称《条例》）和1998年实施的《中华人民共和国村民委员会组织法》（以下简称《村组法》）
据此，两者的关系应该是：党支部发挥领导核心力量，村委会在党支部的领导下开展工作，村民自治也只有在党的领导下才能顺利进行。
法律依据：《中国共产党农村基层组织工作条例》
第四条 乡镇应当设立党的基层委员会。乡镇党委每届任期5年，由党员大会或者党员代表大会选举产生。
第五条 以村为基本单元设置党组织。有正式党员3人以上的村，应当成立党支部；不足3人的，可以与邻近村联合成立党支部。党员人数超过50人的村，或者党员人数虽不足50人、确因工作需要的村，可以成立党的总支部。党员人数100人以上的村，根据工作需要，经县级地方党委批准，可以成立党的基层委员会，下设若干党支部；村党的委员会受乡镇党委领导。
村党的委员会、总支部委员会、支部委员会每届任期5年，由党员大会选举产生。党员人数500人以上的村党的委员会，经乡镇党委批准，可以由党员代表大会选举产生。
第六条 县以上有关部门驻乡镇的单位，应当根据党员人数和工作需要成立党的基层组织。这些党组织，除党中央另有规定的以外，受乡镇党委领导。
第七条 农村经济组织、社会组织具备单独成立党组织条件的，根据工作需要，可以成立党组织，一般由所在村党组织或者乡镇党委领导。在跨村跨乡镇的经济组织、社会组织中成立的党组织，由批准其成立的上级党组织或者县级党委组织部门确定隶属关系。
村改社区应当同步调整或者成立党组织。