蓝藻的发生原因：
1.温度 蓝藻繁殖生长对温度敏感,在水温17 ℃以下时，当水温上升到28℃时，由于其它藻类的生长受到抑制且大量被鱼虾吃食消化(温度高鱼类摄食代谢增强) ，蓝藻很容易形成优势种群而大量爆发。
2.pH值
蓝藻喜欢偏碱性的水体,高pH值(8.0～9.5)会促进蓝藻的发生。
3.光照和水体运动状态
蓝藻喜强光和静水，经常开增氧机的池塘蓝藻数量就会少。
4.氮磷比
蓝藻既可利用水体中的氮，又具有更高利用磷的能力，低氮磷比或含磷较高富营养化的水体都可能导致蓝藻的大量发生，适当提高氮磷比可在一定程度上抑制蓝藻的生长。研究显示：当氮磷比（无机态摩尔比）四比一到十二比一这个区间内，蓝藻不易爆发。当达到四比一时，如果磷继续增多则蓝藻增殖占优势；当达到十二比一时，如果氮继续增加蓝藻也会爆发。
蓝藻死亡后的48个小时以内，配合使用增氧产品。第二天使用氧化型底改产品如过硫酸氢钾，使藻毒素失活。
治蓝藻方法：
1.彻底清塘消毒并加注不带蓝藻的新鲜水
由于蓝藻比其它藻类具有更强的竞争力，因此控制措施以预防为主，防重于治。彻底清塘消毒可有效减少蓝藻种子，压低基数，减少大规模发生的可能。避免随加水带入蓝藻，对控制蓝藻爆发也有积极意义；
2.定期换新鲜水
经常大量地换新鲜水可稀释蓝藻的浓度，同时也稀释了蓝藻分泌的毒物浓度，可促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡；
3.杀灭蓝藻
当蓝藻大量发生时，可选用安全性高的杀藻剂局部杀藻。在晴天中午，由于蓝藻的强趋光性均集中在水体表面，此时停开增氧机两个小时泼洒针对性药物如漂白粉或安全性高的专杀蓝藻产品，其迅速与蓝藻接触而杀灭之，同时又保护了中下层的绿藻和硅藻；傍晚增氧产品增加水体的通透性，补充池塘中下层溶氧，可避免溶氧降低的危害。两天后重新培养藻类。
4.放养一定数量的滤食性鱼类
虽然蓝藻不易被对虾消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，在一定程度上延缓了蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢和银鲫等。实践表明，尾重200g以上的白鲢对蓝藻爆发有明显的抑制作用。
5.降低pH值
先破坏蓝藻适宜的生态，为有益藻重新成为优势种创造条件，否则即使蓝藻被药物杀灭一部分，由于蓝藻强大的繁殖能力又会很快成为优势种。所以，可适当降低水体pH值，使用赛有鱼乳酸菌，配合有机酸产品能够缓解pH过高，接下来适当培藻，同时定期使用生态修复师底改产品，保持底部清爽，抑制蓝藻的繁殖。
6.合理使用微生物制剂
芽孢杆菌本身可与蓝藻竞争，同时其分泌的多肽类物资具有抗菌作用，能较好的抑制蓝藻。