由叶芽的生理和组织状态转化为花芽的生理和组织状态的过程，称为花芽分化。芽内花器官的出现到分化完成，为形态分化期。在出现形态分化之前，芽内部由叶芽的生理状态转向形成花芽的生理状态的过程，为生理分化期。
苹果树的花芽分化过程可分为7个阶段：生理分化期（叶芽期）、花芽分化初期（
花序分化期）、
花蕾形成期、萼片形成期、花瓣形成期、雄蕊形成期、雌蕊形成期。
不同的品种花芽分化时期有差异，但表现有共同的特性。
（1）长期性苹果花芽分化并非集中在一段很短的时期内，而是相对集中又相对分散，是分期分批陆续分化形成的。这一规律与苹果树形成花芽的新梢分期分批停止生长和新梢所处的条件有关。一般苹果的花芽分化期开始于5月中、下旬至6月中、下旬，6～9月为分化盛期，10月以后为分化缓慢期。有些品种，在落叶后至2月初仍有部分芽处于分化初期。（2）相对集中性和相对稳定性苹果花芽分化的开始期和盛期（相对集中期）在不同年份有差别，但大都集中在6～9月。花芽分化的相对集中和相对稳定性与相对稳定的气候条件和物候期有密切关系。一般是在新梢停长后（包括春、夏秋梢）和采果后各有一个分化高峰。（3）花芽分化临界期即生理分化期。在此时期，芽的生长点处于不稳定状态，对内外因素有高度敏感性，是易于改变代谢方向的时期，因此也是控制花芽分化的关键时期。苹果花芽分化的临界期大约在花后2～6周，也就是大部分短枝开始形成顶芽到大部分长梢形成顶芽的一段时期，在河北省、山东省苹果产区多数品种在5月中旬至6月上、中旬。（4）形成一个花芽所需的时间苹果从生理分化到雌蕊形成需要1.5～4个月，而从形态分化开始到雌蕊形成通常只要1个月或1个多月。