保护区为半湿润区域， 区内相对湿度稳定。鄱阳湖，古称彭蠡、彭泽，是中国最大的淡水湖，为赣江、抚河、信江、饶河和修水五大河流的汇集处。分南北两湖，南北长 170km，东西宽 50～70km，湖水北经九江注入长江。湖区受修河水系和赣江水系影响，水位存在着明显的季节性变化。每年的 10 月至次年 3 月是枯水季节，这时水面仅有 500k㎡，低水位仅13m，晚冬最低水位时湖水仅 0.2～0.8m，形成大大小小9个独立的季节性湖泊及湖滩草地，暴露出来的湖底，形成旷如平野的泥滩和草洲；4～9 月是丰水季节，水面约 3000k㎡，最高水位达海拔 21m，9 个湖泊与鄱阳湖连成一片，融为一体，形成鄱阳湖水一片汪洋，具水乡泽国的景观。因此，人们经常用“枯水一线，丰水一片”来形容鄱阳湖的水位变化景观。鄱阳湖具有典型湿地的特点，按成因和分布主要有潮间带滩涂和入湖三角洲形成的湖岸湿地；季节性漫滩与泛滥洼地形成的河流湿地；水位消落区滩地与入湖三角洲形成的湖泊湿地。鄱阳湖湿地面积（即水位消落区及其邻近浅水区）逾 2500k㎡，占鄱阳湖面积的78%。
9 个湖均处在赣江西支、修河尾闾入湖洲前缘，其水文特征受赣江西支、修河及鄱阳湖水文情势的三重影响。保护区水位与鄱阳湖水位的年内变化趋势一致，月平均水位 7 月最高，其次是 8 月；1 月最低，12 月次之。赣江吴城站历年最高水位 22.29m，历年最低水位10.46m。都昌站历年最高水位 21.78m，历年最低水位 8.84m。赣江吴城站和鄱阳湖都昌站的年最高水位一般出现在 5～9 月。两站的年最低水位为 10.46～12.61m 和 8.84～11.63m，多年平均值分别为 11.34m 和 9.77m，一般出现在12月至次年3月。
鄱阳湖区平均水温 18.3℃，比平均气温偏高1.2℃。历年极端最低水温0℃，极端最高水温 37.8℃。月平均水温 8 月为最高，1 月最低，年较差21.8～26.0℃，平均24.3℃。在汛期， 保护区的湖泊与草洲被洪水淹没，与大鄱阳湖融为一体，湖流以吞吐流为主。其中中低水位期以重力型湖流为主，中高水位期以顶托型湖流为主，也经常出现倒灌型湖流，顶托型湖流的流向与重力型湖流基本相同。赣江西支和修河是鄱阳湖各入湖河流中含沙量较大者，年输沙量分别为 284.0 万吨和 224.6 万吨（包括悬移质和推移质） 。湖水含沙量随水位的变化而改变，两者关系密切。保护区是鄱阳湖泥沙淤积较严重的区域。赣江西支尾闾河床平均每年约淤高 20mm，自然堤淤高速度相对慢些，平均每年约淤积 10～15mm，自然湖堤内的洼地泥沙淤积速度很慢，均在 1.5mm/年以下。
