原因是多方面的。
一、时间长了，孔孟学说变了味。孔孟学说本来是想减少东周后期（春秋战国）以来，礼崩乐坏的动乱局面的，结果在历史上很长一段时间，被封建统治阶级所利用，用来崇拜官僚主义，起过一定积极作用，后来被用来压制民主主义和现代人追求富裕自由的理想，一般认为到了唐朝就已经达到巅峰，后来的孔孟学说早已过时和变味，到了清朝，干脆推广不切实际的八股文愚弄人民和天下考生，直到八国联军进攻中华、日本立志灭亡中国时，中国文人们才如梦初醒，知道孔孟学说真的有用，就不会这么贫弱了。
孔孟学说后来走偏成愚弄人民利器
二、违反自然规律追求稳定。孔孟学说几乎没有自然科学的内容，战国时期出现过：儒墨之争，也就是儒家、墨家是当时最普遍的两种学说，儒家重视社会伦理管理，轻视自然规律和科学、生产、技术，认为国家社会遇到问题，靠官僚系统就能解决，例如发洪水了，不用尊重自然规律，用全部官员的手巴掌去挡住洪水就行了（这是文史资料中的例子）。
孔孟学说迫害和攻击崇尚自然科学的墨家
墨家跟这种观点相反，认为自然规律只按自己的规律运行，不会因为官僚系统的作为而改变，人类只能顺势而为才是上策，后来的结果是儒家在西汉武帝时期崛起，墨家逐渐被迫害和自我分裂而走向灭亡，直到清朝末年，八国联军尊重科学规律的铁船利炮（清朝是木船土炮，认为铁船浮在水面上不下沉是不可能的），将清朝击溃后，清朝才想到学习洋人的长处来对付洋人，也就是洋务运动“以其人之道还治起身”、“工欲善其事必先利其器”等等的墨家思想。
清朝想兴办类似墨家的洋务运动救国
三、外来文化需要消灭传统国学来布局未来。孔孟学说虽然只是诸子百家中的一种不完美哲学，但还是有着重要影响的国学之一，外来文化要想在中华大地上茁壮成长，有必要否定一切国学，其中就包括孔孟学说，所以出现很多贬低的声音也是很正常的。
外来文化需要贬低国学谋求发展空间
综上所述，孔孟学说轻视科学自然规律、市场经济规律，也就是否定了大学校园里的理科、工科、经济学科等等院系，玩弄权术高举官僚主义和无用文人文化崇拜，导致国民一起厌恶科技创新和富强、自由、进步，导致国家和人民贫穷落后、被动挨打，被贬低了也不稀奇；另一方面我们也要爱护传统国学孔孟学说，可以把儒家和墨家、道家、法家、杂家等等一起平等来看待，防止思想走偏了让这种“窃国”之学（古籍中记载的墨家批评用词）大行其道。