肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段。当临床遇有一些诊断不明的肝脏疾患时，应考虑做肝穿刺：如疑胃
肝炎而难以确诊者，或需进行病理检查协助分型者；长期低热病例，经全面检查已排除其他病患，而为肝病所致者；肝肿大和
脾肿大原因不明者，或需与肝结核、
脂肪肝等疾患相鉴别者；病毒性与药物性所致肝损害情况不明者等等。另外，肝脓肿病人可通过与肝穿刺抽出脓液，同时还可以通过穿刺针注入药物治疗，从而使一部分病人免受手术之苦。肝穿刺术后有的患者会有短暂肝区痛或肝穿部位疼痛，但一般反应轻微，不需处理，经过24小时可自行缓解。目前已有些医院采用B超引导下的细针穿刺，优点是损伤小，定位准确，对肝内占位
性病确定其性质尤为适用。有人认为肝穿刺会损伤“元气”，因而当医生提出要做肝穿刺时，往往精神很紧张，顾虑重重，术后也感到这样或那样不适。当医生向病人作详细的解释之后，不适感会很快消失，这说明精神因素占很大比例。但是当病人如有出血倾向或其他禁忌时，则应缓作或不作。（1）可以明确有无
肝硬化存在。（2）鉴别肝硬化临床类型，可区分酒精性肝硬化，还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。（3）确定肝脏纤维化和肝硬化的程度，为临床药物治疗，以及预后的判断提供客观依据。（4）判断药物治疗效果及病情变化情况。（5）鉴别
黄疸性质和原因，临床上黄疸难以确定病因时可以作肝活检。（6）多种肝病的鉴别诊断，如肝肿瘤、脂肪肝、肝结核继肝脓肿等。