因为元朝时期，经济中心在南方，北方是政治中心，大都人口众多，众多的粮食，丝绸等物资需要运输，通过陆路运输成本高，而且麻烦，水路则是很经济的选择，装载量也很大，而且有隋朝大运河的前例，所以重修京杭大运河是明智的选择。同时为了上一道双保险也开通了从长江口到大沽口的海运，因为这不需要疏通河道，成本更低，需要的是大船，而且宋朝时期的指南针已经应用于航海，航行线路又是在中国近海，更加的实用和安全。
另外一个目的则是处于政治目的，正是由于南方的经济重要性，所以此运河客观上还可以加强南北经济文化联系，方便元朝政府的政治控制和军事调动。
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